虽然佛陀允许弟子们基於慈悲心而现神通，但基於弟子可能不当使用，所以最终也禁止使用神通，毕竟神通不是智慧，有它的局限性，既非究竟，也不是解脱的主体，所以不但不应该当作预言来相信依止，更不值得做为生命方向的导航。

　　由阿含部的经典看来，佛最初并没有禁止弟子使用神通，他自己也有展现神通之时，只是使用神通的前提要有正确的智慧为导引，并且不要沈溺於五通，重要的是追求漏尽通的解说。但是後来由於有弟子在民众前现神通、方法不得宜，因此律部中有佛开始禁止比丘们在民众前现神通的记载。　　在《五分律》卷二十六中记载，王舍城中的跋提长者和他姊姊都不信佛。佛的四大声闻弟子：迦叶、目连、阿那律、宾头卢四人决定共同设法度化跋提姊弟。跋提长者在目连、阿那律、迦叶展现神通给他看後，很快的就信奉佛教了。但是宾头卢去度化跋提姊姊就没那麽幸运了，无论他在跋提姊姊面前展现什麽神通来乞食，跋提姊姊就是不理睬他。最後宾头卢没法子，就到王舍城外坐在一块大石头上，展现神通连人带石的飞入王舍城中，城中的百姓看见这光景，都非常害怕，万一石头掉下来会打到自己，纷纷奔走逃命，王舍城中乱成一团。而宾头卢坐在石上飞到提拔姊姊的屋子上空，就止住不动了，这一次跋提姊姊也被吓到了，她对宾头卢说；「请饶了我的命吧！请你把石头放回原处，我一定供养你。」，宾头卢这才飞回原处放下石头，再步行到跋提姊姊家乞食。跋提姊姊仍是心不甘情不愿的供养他，又被宾头卢现神通强迫供养，最後终於折服跋提姊姊归皈佛教。但由於宾头卢的手段激烈又带强迫性，已经扰乱惊吓了整城的百姓，一些长老比丘就向佛报告，指控宾头卢的不是，佛在集合比丘们当面询问宾头卢後，对他做了种种责备，并且当场告诉所有的比丘：从今起不允许展现神通，如果现神通就犯戒。　　我们知道佛陀当初制戒，都是因弟子犯了某种错才制某种戒，所谓「随犯随制」，并不是先制种种戒条来束缚弟子，别译《杂阿含经》卷六中，迦叶问佛：「为什麽佛当初开始制戒的时候，戒条非常少，而专心修行的人多，现在戒条愈来愈多，反而能遵守的人减少了？」，由这个问题的提出，可以看出制戒是因比丘的行为出了问题才针对此问题制定的。宾头卢以神通度化的手法不合宜，因此佛陀开始禁止比丘现神通。　　但是一时之间，比丘们似乎很难严格遵守，还是有人会现神通，因此律部记载每当有某一比丘现神通，往往会被其他比丘向佛检举，佛再依他的动机来判定他是否犯戒。例如《根本说一切有部毗奈耶》卷五中记载大目乾连有一次到给孤独长者家乞食，听到给孤独长者教导儿子读诵外道经典，目连就劝给孤独长者让他的儿子学习佛法，并且允诺自己可以亲自教授。於是给孤独长者的儿子每天打扮整齐，装饰璎珞，由仆从陪同前往逝多林中目连住所学习佛法。如此日日往返，被一些贼人看见了，他们知道给孤独长者大财主，就设计把他儿子在中途绑架而去。当目连知道这个消息，心里想到：「这个孩子我若不救，孩子与父母都要煎熬受苦；而不信佛法的人听了这消息後会幸灾乐祸；至於本已敬信佛法的人恐怕会失去信心而退转，这是因为前往逝多林佛所的人，竟然被贼劫去，以後谁还敢再前往逝多林佛所呢？我现在应该立刻现神力，把孩子取回来。」　 另一方面虽然给孤独长者向国王报告了他的儿子被绑架的事，国王也派大将军立刻出发捕贼，但是这大将军与给孤独长者先前有嫌隙，所以没有遵守王命立刻出发，目连赶在大将军的前面，展现神通力吓退贼人，而救出了给孤独长者的儿子。这件事被一群比丘知道了，就一状告到佛陀那儿，佛陀召集众僧当面询问目连：「你以何心现神通力救那孩子？」，目连把自己的想法告诉佛陀，佛陀依据他的动机，而判定他现神通力无罪。　　另外，《摩诃僧祗律》卷二十九中记载毕陵伽婆蹉比丘，有一次到一个牧牛的人家乞食，看到那家的女儿在旁哭泣，询问原因，那女孩说：「大和尚啊！天是节庆日，大家都已集会嬉闹了，只有我没有漂亮的衣饰不能前往，那能不哭呢？」，毕陵伽婆蹉比丘听後，就展现神通变化出华美的衣裳，灿烂的金饰给女孩穿戴，那牧手女就高高兴兴去集会了。由於他的金饰实在太漂亮耀眼了，别人认为一个牧牛女是不可能拥有的，就向国王告状，国王把牧牛女抓起来审问。毕陵伽婆蹉比丘知道了，到王宫向国王说明原委，并在王前现神通，把整座宫殿都变成黄金打造的，国王这才相信而释放了牧牛女。　　众比丘知道这件事就向佛陀控诉，佛陀问毕陵伽婆蹉：「是因为你现神通，才害牧牛女被抓吗？」毕陵伽婆蹉回答：「佛啊！我不是故意要现神通害牧牛女被抓，我当初是因为动了慈悲心，想帮助他去参加盛会才现神通的。」，佛陀听了他的动机，就判定毕陵伽婆蹉无罪。　　由上述两个事例可知基於慈悲心而现神通是被允许的。另一方面也反映出在一般的情况下，佛已不允许弟子现神通，因此一有比丘现神通，即使是如目连、毕陵伽婆蹉般的长老比丘也会被纠举，而由佛来判定他们是否犯戒。因此神通渐渐趋向於禁止使用。